魚肉來源不論是海水魚或淡水魚，都含豐富的蛋白質、維生素D、及多種礦物質包括鈣、鉀、鈉、鋅等。一般肉類的食物來源的油脂大都含有較高的飽和脂肪酸，魚肉的脂肪則以不飽和脂肪酸居多，特別是ω-3脂肪酸。
比較海水魚和淡水魚在營養價值的差異之處，一般而言，因為海水溫度通常較低，所以海水魚為抵抗低溫，通常含有較多油脂含量和熱量，且海水魚比淡水魚含有更豐富的ω-3脂肪酸。富含ω-3脂肪酸的油脂對於發育中的小孩，可提供腦部發育所需的DHA；對於成人，則具有抗發炎與調降血脂肪的功能。此外，海水魚含有較多的微量元素包括碘、硒、錳等，海水魚亦比淡水魚含更多牛磺酸，有助於視覺、神經系統發育，並可調節血脂、加強肝臟解毒作用。然而，攝食海水魚類較淡水魚類需要考慮的是重金屬汙染問題，深海水魚類最大的缺點是因為環境汙染，可能會造成海水魚類有重金屬汙染的疑慮，特別是汞汙染的問題。此外，深海魚的攝食還有普林含量或組織胺含量偏高的可能，對尿酸值代謝不佳或體質過敏者需謹慎攝取。